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@omasanori V-GRAPEのスライドが書かれた2006年って、京の概念設計が始まった頃ですよね。当初は京にもアクセラレータをつけるという案があったんですが、謎の経緯( https://jun-makino.sakura.ne.jp/talks/komaba20121025.pdf#page=60 )で葬り去られたという話があって… 京のアクセラレータについては牧野先生と東大の平木先生が共同で提案してたって話だった気がします。それが V-GRAPEと近いものだったかどうかは分かりませんが。
謎の経緯については、プログラミングスタイルが特殊になるのが嫌われたんじゃないかという噂を耳にしたことがあります（ただし真偽不明）

富岳の頃にはGPGPUが普及するのが確定してたんですが、富岳には結局つかなかったし、地球シミュレータはベクトルマシン最後の輝きだったし、日本のスーパーコンピュータのフラグシップマシンは、それより前の時代を代表するアーキテクチャを使うという保守的な選択が目立つ感じです。まあそれでも(HPCGだけではなく)LINPACKで性能出せてるのがすごいところなんですが。

@omasanori 謎の経緯のスライドで触れられている「～10MW」という書き方が非常識だってことは小柳先生も書いてますね: https://www.hpcwire.jp/archives/12693